・アイコンが違います
「メールボックス」と「フォルダ」は、Topウインドウなどのアイコン表示のウインドウで、アイコンが異なります。デフォルトのアイコンの場合、封筒が張り付いたフォルダの形をしているのが「メールボックス」で、Mac OSと同じようなフォルダの形をしているのが「フォルダ」です。

・Eudora互換の階層が「メールボックス」
以下では、話を分かりやすくするために、ARENAでいうところの「メールボックス」と「フォルダ」を、ひっくるめて「階層」と言うことにします。

まず、Eudora互換の階層を「メールボックス」と呼んでいます。メールのデータ本体はすべて1つのファイルに書き込まれ、さらにこれの目次ファイル（TOCファイル）が作られ、計2ファイルによってメールを保管します。この保管方法は、たくさんのメール（100通以上）を保存するのに適しています。

メールボックスでは、メールを移動、削除しても、メールの内容はファイルに残っています。メールボックスを圧縮することにより、余計なメールを取り除くことができます。

・ARENA独自の「フォルダ」
次に、フォルダとは、ARENA独自仕様の階層です。メールは1ファイルごとに小分けにされて保存されます。削除されると、メールのファイル自体が消去されるわけです。したがって、圧縮は必要ありません（行おうとすると、警告が出ます）。

フォルダは主に、メールボックスを入れて整理するために利用されるほか、少量のメール（100通以下）を保管するためにも利用できます。

・メールボックスとフォルダの使い分け
メールボックスは、通常のメールボックスに、つまりメールをたくさん保管したい階層に利用してください。

フォルダは、下層にメールボックスを作りたいとき、つまり中間階層を作りたいときに利用してください。または、メールの数があまり多くなく、頻繁にメールの移動や削除が行われる階層には、フォルダの方が向いているでしょう。

■ARENA標準のメールボックスでは
参考までに、ARENA起動時に作られる標準のメールボックスは

・Inbox、SentMailがメールボックス
（一般にこれらにはメールがたくさんたまるため）
・Outbox、Drafts、Trashがフォルダ
（メールが頻繁に出入りするため）

という構成になっています。